Kožní kryt je osídlen především stafylokoky, a to zejména koaguláza negativními druhy. Mohou se zde vyskytovat i druhy koaguláza pozitivní (Staphylococcus aureus), často jako nosičské kmeny. Dále se na kůži vyskytují korynebakteria, v malé míře některé gramnegativní tyčinky. Z anaerobních bakterií nejčastěji rod Propionibacterium (výskyt hlavně v mazových žlázkách – akné). V menším počtu nalezneme i kvasinky, zejména kandidy. Větší množství bakterií se vyskytuje v místech vlhké zapářky (podpaží, třísla, pod prsy, kožní záhyby u obézních lidí…). Bakterie štěpí pot a kožní maz na prchavé látky, což vede ke vzniku tělesného pachu.

Uši (zevní zvukovody) jsou osídleny stejnou flórou jako kůže. Ušní maz obsahuje antibakteriální látky, které brání pomnožení patogenních mikrobů.

Sliznice nosu a nosohltanu obsahují stejné spektrum mikrobiálních druhů jako kůže, navíc pak viridující streptokoky a nepatogenní neisserie, případně také fakultativní patogeny, které za určitých okolností mohou vyvolat onemocnění (Moraxella catarrhalis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae a Staphylococcus aureus). Cca 5 % populace je v nosohltanu nosičem Neisseria meningitidis.

Dolní cesty dýchací jsou za normálních okolností bez mikrobiální flory.

Močové cesty jsou prosté mikrobiální flóry, pouze spodní část močové trubice je kolonizována stafylokoky, viridujícími streptokoky, korynebakteriemi a někdy kvasinkami.

Kůže zevního genitálu obsahuje flóru totožnou s ostatním kožním krytem.

U hormonálně neaktivních žen (dívky před dosažením pohlavní zralosti a ženy po klimakteriu) osídlují pochvu enterokoky, koaguláza negativní stafylokoky a koliformními bakterie. V období pohlavní zralosti jsou v pochvě přítomny laktobacily (tzv. Döderleinův bacil), které jsou zodpovědné za udržení kyselého pH, dále kvasinky a difteroidy (korynebakteria).

Mikrobiom trávicího traktu má zásadní význam pro fungování celého organismu a tvoří jedinečný ekosystém. Inhibuje průnik patogenů do střevní sliznice, účastní se na funkci trávicí soustavy (fermentace sacharidů bakteriemi, podíl na degradaci bílkovin na aminokyseliny), syntetizuje vitamín K a cholin, stimuluje imunitní systém.

Kvantita i složení mikroflóry je variabilní (podle věku, stravy, geografické oblasti…). Faktory udržující stabilitu střevní mikroflóry jsou pH, teplota, peristaltika, vztahy mezi mikroorganismy, žlučové kyseliny, léky, imunita.

Mikroflóra GIT (gastrointestinální trakt) se během života vyvíjí. Novorozenec je sterilní a jeho GIT je osidlován postupně ihned po narození. Při porodu vaginální cestou je okamžitě osídlen vaginální flórou matky. Při porodu císařským řezem jsou první kolonizací bakterie z nemocničního prostředí. Poté se novorozenec osidluje bakteriemi matky a členů rodiny (streptokoky, enterokoky, stafylokoky). O něco později se do střev dostávají bifidobakterie (hlavně z mateřského mléka), anaerobní bakterie a koliformní bakterie. U dětí na umělé výživě se složení mikroflóry střeva více podobá dospělým. Význam osídlení novorozence tkví ve vyzrávání slizniční imunitní tkáně.

Hlavní změny mikroflóry vznikají při přechodu od kojení na smíšenou stravu. V dutině ústní jsou mezníky prořezání zubů a ve stáří naopak ztráta chrupu. Individuální mikroflóra střeva se utváří mezi 3. – 5. rokem života. Ve stáří dochází k úbytku bifidobakterií, přibývá kvasinek, anaerobů, streptokoků. Kvalita sliznice střeva se zhoršuje.

Sliznice dutiny ústní je osídlena především viridujícími streptokoky a neisseriemi, dále laktobacily a anaerobními bakteriemi rodů Bacteroides, Peptostreptococcus, Fusobacterium, Actinomyces apod. Vyskytují se zde mikroaerofilní mikroby i gramnegativní tyčinky. Zřejmý je vztah ústní mikroflóry ke tvorbě zubního kazu, kde se podílí nejvyšší měrou Streptococcus mutans. Na zubním povrchu se z kolonií bakterií tvoří biofilm ve formě zubního plaku. V něm se tvoří organické kyseliny, které narušují sklovinu a podílejí se na vzniku parodontitidy. Jde především o anaerobní bakterie.

Mikroflóra tonzil je shodná s mikroflórou dutiny ústní, mohou se zde vyskytovat ale také i betahemolytické streptokoky (nosičství původce streptokokové tonsilitidy). Dále se zde setkáváme s mikroby jako v nosohltanu včetně potenciálních patogenů.

V žaludku je pro mikroby velice agresívní prostředí (nízké pH, koncentrace trávicích enzymů), proto tam normální mikroflóra není (maximálně laktobacily a některé streptokoky).

Tenké střevo je osídleno streptokoky, enterokoky, kvasinkami, entrobakteriemi, bifidobakteriemi a laktobacily.

Tlusté střevo je orgán nejvíce osídlený mikroflórou co do množství i variability mikroorganismů (množství 10¹⁴, cca 400 druhů bakterií). Hlavní složku mikroflóry tvoří v tlustém střevě gramnegativní tyčinky – enterobakterie (E. coli, enterobaktery, klebsiely, proteus…), z grampozitivních koků především enterokoky. Velký podíl tvoří také anaerobní bakterie, především klostridia, bakteroidy, fusobakteria… Velký význam mají laktobacily.