Základní vyšetřovací metodou v parazitologii je mikroskopie. Jednotlivé parazity lze mezi sebou rozlišovat na základě druhově specifických morfologických buněčných struktur nebo jejich specifických vývojových stádií. Někdy se získá výsledek na základě zhotovení a prohlédnutí nativního preparátu (střevní prvoci a vajíčka helmintů). Častěji se musí vyrobit fixovaný a barvený preparát. Mnohobuněčné parazity lze určovat makroskopicky (helminty nebo jejich části, ektoparazity).

V současnosti jsou stále častěji využívány molekulárně biologické metody k průkazu DNA parazitů, často ve formě tzv. multiplexů.

Nepřímé vyšetřovací metody mohou být využity u všech parazitárních agens, která mají kontakt s tkání hostitele a provokují imunitní systém k tvorbě protilátek (extraintestinální forma amébózy, echinokoková cysta, larvální toxokaróza a další). Používané metody a principy jsou stejné jako u diagnostiky ostatních zástupců všech podoborů mikrobiologie (viry, bakterie, houby). Liší se jen v druhu použitých antigenů.

Nejběžněji používané metody pro diagnostiku parazitů z trávicího traktu jsou flotační metoda dle Fausta a metoda dle Kato. Pro diagnostiku krevních parazitů (malárie) se používá tenký roztěr a tlustá kapka z kapilární krve.