Die Geschichte der Apotheken beginnt im 8. und 9. Jahrhundert, in Arabien. Die Vorläufer waren Drogen- und Gewürzhändler, zusammen mit Klostermönchen des Abendlandes. 1241 wurde vom Stauferkaiser Friedrich II. das „Edikt von Salerno“ (auch Medizinalordnung) erlassen, in dem die Trennung der Berufe Arzt und Apotheker fixiert wurde. Ärzte durften keine Apotheken besitzen. Die Arzneimittelpreise wurden gesetzlich festgeschrieben. Eine Apotheke durfte nur zum Verkauf von Arzneimitteln gegründet werden. Bereits 1241 wurde die erste Stadt-Apotheke in Trier urkundlich erwähnt. Die erste Apotheke in der Tschechischen Republik war in Jáchymov, wo auch Agricola in den Jahren 1527-1531 als Arzt und Apotheker tätig war. Im Laufe des 14. Jahrhunderts wandelten sich die Apotheker vom fliegenden Händler zum Patrizier, der nicht nur Heilpflanzen, Gewürze und Drogen verkaufte, sondern auch eigene Arzneimittel herstellte. Der Betrieb der Apotheke war stark von Seuchen und Epidemien abhängig.

Im 17. und 18. Jahrhundert entwickelten sich die Apotheken vom Ort der Arzneimittelherstellung zum Ort der Arzneimittelforschung. Diese Entwicklung wurde durch das Wissen über Chemie und Pharmazie bedingt. Im 19. und 20. Jahrhundert brachten die Errungenschaften der Pharmaindustrie eine Umstellung der deutschen Apotheke mit sich. Von nun an wurden dort Arzneimittel nicht nur hergestellt, sondern auch auf ihre Qualität und Identität geprüft.

Nach dem 2. Weltkrieg wurde in Westdeutschland (in der amerikanischen Zone) die Niederlassungsfreiheit für Apotheken eingeführt. Jeder Apotheker durfte eine Apotheke unabhängig vom Bedarf eröffnen. Weil die Arzneimittelpreise für ganz Deutschland einheitlich sein mussten, konnte der Wettbewerb nur durch Beratung der Kunden stattfinden.

Heutzutage stellt die Apotheke ein modernes Unternehmen dar, das die Bevölkerung mit Medikamenten der bekanntesten Hersteller versorgt.