Dýchací soustava je složena z plic a systému trubic neboli dýchacích cest, které přivádějí a odvádějí vzduch. Jako horní dýchací cesty se označují struktury dýchacích cest, které jsou uloženy v oblasti hlavy. Začínají dutinou nosní, zahrnují vedlejší nosní dutiny a nosohltan. Dolní dýchací cesty jsou složeny z hrtanu, průdušnice a bronchiálního stromu.

Do nosu vstupuje vdechovaný vzduch nosními otvory, které se nazývají nozdry (nares). Hrot nosu se druhově liší. U skotu se popisuje mulec (planum nasolabiale), u malých přežvýkavců jsou nozdry obklopeny neochlupeným zrcátkem. Prasata mají rypák (rostrum).

Nosními otvory vstupuje vzduch do nosní předsíně (vestibulum nasi), kde kůže přechází ve sliznici. Do nosní předsíně vyúsťuje slzovod. Hrot nosu a nosní předsíň je podložena nosními chrupavkami. Vzduch dále postupuje do dutiny nosní (cavum nasi), která je chrupavčitou přepážkou (septum nasi) rozdělena na dvě poloviny. Nosní dutiny jsou vyplněny tenkými spirálovitými kostmi, které se nazývají nosní skořepy (conchae nasales).

Dorzální a ventrální nosní skořepy rozdělují nosní dutinu na nosní průchody. Ventrální nosní průchod se nachází mezi ventrální nosní skořepou a dnem dutiny nosní, střední nosní průchod leží mezi skořepami a dorzální nosní průchod leží mezi dorzální nosní skořepou a stropem dutiny nosní. Po stranách nosní přepážky se nachází úzký společný nosní průchod. Nosní skořepy a nosní dutiny pokrývá respirační sliznice, kterou tvoří bohatě prokrvený řasinkový epitel produkující hlen. Epitel kaudální části nosní dutiny pokrývá čichová sliznice, ve které se nacházejí senzitivní nervová zakončení pro pachové látky. Nervová vlákna z těchto receptorů procházejí přes řešetnou ploténku čichové kosti do čichového laloku předního mozku.

Vedlejší nosní dutiny jsou vzduchem naplněné výchlipky dutiny nosní v lebečních kostech. Jsou vystány respirační sliznicí a s dutinou nosní komunikují úzkými otvory. Výskyt paranasálních dutin se mezidruhově liší. U všech hospodářských zvířat je vytvořena čelní dutina (sinus frontalis) a čelistní dutina (sinus maxillaris). U skotu, malých přežvýkavců a koní je vytvořena patrová dutina (sinus palatinus). U skotu, prasat a koní je vytvořena dutina klínové kosti (sinus sphenoidalis), u prasat a přežvýkavců se nachází dutina slzné kosti (sinus lacrimalis).

Vzduch postupuje nosními průchody do hltanu. Hltan je místem, kde se kříží dýchací cesty s cestami trávicí soustavy. Hltan je kraniálně rozdělen měkkým patrem na dorzální nosohltan (nasopharynx) a ventrální ústní část hltanu (oropharynx). Hlavní část hltanu je společná pro obě soustavy. Kaudálně hltan pokračuje na dorzální straně jícnem a ventrálně hrtanem.

Hrtan je krátká chrupavčitá trubice, která spojuje hltan a průdušnici. Kostru hrtanu tvoří čtyři typy chrupavek:

Chrupavky jsou vzájemně spojeny a k okolním strukturám připojeny svaly a vazy. Na ukotvení hrtanu v prostoru se podílí jazylka. V dutině hrtanu (cavum laryngis) se nacházejí hlasivky, které jsou tvořeny hlasivkovými řasami (plicae vocales). Hlasivkové řasy jsou podloženy vazy, které jsou spojeny s konvicovitými chrupavkami. Hlasivkovou štěrbinu (rima glottis) lze rozdělit na dvě části:

Hlasivky jsou pokryty vrstevnatým dlaždicovým epitelem. U koní se v hrtanové dutině nacházejí kromě hlasivkových řas také předsíňové řasy (plicae vestibulares), které ohraničují laterální laryngeální vaky. Prostor hrtanu za hlasivkovou štěrbinou se nazývá cavum infraglotticum. Prostor hrtanu za hlasivkou vystýlá víceřadý cylindrický epitel s řasinkami.

Průdušnice je chrupavčitá trubice, která navazuje na hrtan a prochází ventrální oblastí krku do dutiny hrudní. V dutině hrudní se rozděluje na dvě hlavní průdušky, které vstupují do plic. Rozdělení průdušnice se nazývá bifurkace. Bifurkace leží přibližně na úrovni srdeční báze. U prasat a přežvýkavců odstupuje z průdušnice ještě před bifurkací bronchus trachealis, který vstupuje do kraniálního laloku pravé plíce. Průdušnice je tvořena prstenci z hyalinní chrupavky ve tvaru C, které jsou dorzálně spojeny hladkou svalovinou (musculus trachealis). Jednotlivé prstence jsou spojeny pojivovou tkání a hladkou svalovinou. Průdušnice je vystlána řasinkovou respirační sliznicí.

Průdušnice se v místě bifurkace dělí na dvě hlavní průdušky (bronchi principales), které vstupují do pravé a levé plíce. Hlavní průdušky se rozdělují na větve vstupující do plicních laloků (bronchi lobares). Lalokové průdušky vydávají větve pro jednotlivé plicní oblasti neboli segmenty (bronchi segmentales), které se dále větví na bronchi subsegmentales. Toto větvení se nazývá bronchiální strom. Stěna bronchů je tvořena chrupavčitými prstenci. Nejmenší průdušky ztrácejí chrupavčitý podklad a nazývají se průdušinky (bronchioli). Průdušinky se v plicích dále větví, až přecházejí v alveolární chodbičky (ductus alveolares), které ústí do plicních sklípků (alveolů). Ve stěně průdušek a průdušinek je vrstva hladké svaloviny, která je inervována autonomním nervovým systémem a pomáhá zvětšit nebo zmenšit jejich průsvit v závislosti na vykonávané námaze.

Alveolární chodbičky ústí do sklípkových váčků (sacculi alveolares). Každý sklípkový váček se skládá z několika plicních sklípků (alveolů). Alveoly jsou tenkostěnné kulovité útvary, které jsou obklopeny sítí krevních kapilár. Stěna plicních sklípků je tvořena jednovrstevným plochým dlaždicovým epitelem a bazální membránou. Povrch alveolů je pokryt tenkou vrstvou tekutiny, která se nazývá surfaktant. V každé plíci se nacházejí milióny alveolů, které zajišťují dostatečnou plochu pro výměnu plynů.

Plíce jsou uloženy v dutině hrudní po stranách mediastina. Plíce jsou pokryty poplicnicí (pleura pulmonalis). Mezi poplicnicí a pohrudnicí (pleura parietalis), která vystýlá hrudní dutinu, se nachází pohrudniční štěrbina vyplněná menším množstvím pleurální tekutiny. Na pravé a levé plíci popisujeme plicní základnu (basis pulmonis) a plicní hrot (apex pulmonis). Apex leží v kraniální části hrudní dutiny, báze naléhá na bránici brániční plochou (facies diaphragmatica). Na plicích dále popisujeme plochu přivrácenou k hrudní stěně (facies costalis) a vnitřní plochu směřující k mediánní rovině (facies medialis). Dorzální okraj plic (margo dorsalis) je oblý, ventrální a mediastinální okraje jsou ostré. Plicní tkáň je složena z dýchacích cest (průdušky, průdušinky a alveoly), krevních cév a pojivové tkáně. Plíce jsou rozděleny hlubokými rýhami na laloky. Laloky lze rozlišit podle vnějších rýh nebo podle místa vstupu lalokových bronchů. U hospodářských zvířat je levá plíce rozdělena na dva laloky – kraniální a kaudální, přičemž kraniální lalok bývá ještě rozdělen (kromě koně) na kraniální a kaudální část. Kraniální a kaudální lalok levé plíce je oddělen širokým srdečním zářezem (incisura cardiaca). Pravá plíce je rozdělena na čtyři laloky: kraniální, střední, kaudální a přídatný. Na mediálním okraji každé plíce se nachází plicní branka (hilus pulmonis), což je místo, kde do plic vstupují hlavní bronchy, krevní cévy a nervy. Do plic přivádí odkysličenou krev plicní kmen, který se rozděluje a vstupuje do každé plíce, kde se větví až na síť vlásečnic obklopujících plicní sklípky. Zde se krev okysličí a sbírá do venul, které se spojují v plicní žíly. Okysličenou krev pro výživu plic přivádí arteria bronchoesophagea, která je buď větví aorty nebo vystupuje z arteria intercostalis dorsalis.