Základním předpisem je zákon č. 326/2004 Sb. o rostlinolékařské péči a změně některých souvisejících zákonů a jeho novelizace zákon č. 245/2011 Sb. a zákon č. 199/2012 Sb.

Z hlediska opatření proti zavlékání a rozšiřování zvláště nebezpečných škodlivých organismů a nařizování mimořádných rostlinolékařských opatření jsou to zejména vyhláška č. 331/2004 Sb. o opatřeních k zabezpečení ochrany proti zavlékání a šíření kroužkovitosti bramboru a původce bakteriální hnědé hniloby; vyhláška č. 332/2004 Sb. o opatřeních k zabezpečení ochrany proti zavlékání a šíření původce rakoviny bramboru, háďátka bramborového a háďátka nažloutlého; vyhláška č. 215/2008 Sb. o opatřeních proti zavlékání a rozšiřování škodlivých organismů rostlin a rostlinných produktů a vyhláška č. 75/2010 Sb. o opatřeních k zabezpečení ochrany proti zavlékání a šíření háďátka bramborového a háďátka nažloutlého a změně vyhlášky č. 332/2004 Sb.

Vnitřní karanténa zahrnuje postupy proti šíření a zavlékání zvláště nebezpečných organismů na území státu do nezamořených území. Řeší problémy využití a zpracování napadeného rostlinného materiálu, nařizuje asanační opatření, vymezuje chráněné zóny ad.

Vnější karanténa zahrnuje fytosanitární kontrolu rostlin, rostlinných produktů a předmětů rostlinného původu, při vývozu, dovozu nebo průvozu v rámci mezinárodního styku. Na základě fytosanitárních kontrol povoluje orgán rostlinolékařské péče přesun rostlin a rostlinného materiálu, popřípadě nařizuje asanační opatření, v nutných případech i likvidaci materiálu. V rámci mezinárodní fytosanitární kontroly jsou vydávány a kontrolovány rostlinolékařské pasy.

Rostlinolékařské pasy mohou být řešeny buď jako návěsky pro jednotlivé rostliny, nebo celé balení, popřípadě i jako doprovodný dokument. Rostlinolékařské pasy musí mít i rostliny a rostlinný materiál převážený uvnitř státu.[1][2]

Náležitosti rostlinolékařského pasu: (vzor s vysvětlivkami):

Pečlivý výběr stanoviště je důležitý zejména pro trvalé porosty, které mají životnost delší než 10 let. Jedná se o ovocné sady, vinohrady a chmelnice.

Poloha by měla být otevřená, chráněná ze směru převládajícího větru, s mírným prouděním vzduchu.

Z klimatických podmínek stanoviště zjišťujeme zejména teplotní charakteristiky (teplotní normál, teplotní minima, termíny výskytu pozdních jarních a časných podzimních inverzních mrazíků), srážkové charakteristiky (srážkový normál, úhrn srážek během vegetačního období a rozložení srážek během vegetačního období).

Z půdních podmínek je důležitá zejména hladina spodní vody, fyzikální, chemické a biologické vlastnosti. Z fyzikálních vlastností půdy sledujeme její propustnost a v poslední době zejména sorpční schopnost.

Podle náročnosti plodin na živiny a hnojení pevnými organickými hnojivy je řadíme do tří tratí. Plodiny v první trati vyžadují vysokou dávku organického hnojiva na hektar plochy, ve druhé trati menší dávku a do třetí trati řadíme plodiny, které nepotřebují organické hnojení (zejména rostliny z čeledi bobovité - Fabaceae).

V zelinářských osevních postupech se střídají košťáloviny, kořenové zeleniny, plodové zeleniny, cibulové zeleniny a luskoviny. Zelinářské osevní postupy jsou komplikovanější i v tom, že mnoho zelenin má velmi krátkou dobu pěstování, a proto zohledňujeme i osevní sled, tzn. řazení kultur na stejném honu během roku (předplodiny, hlavní plodiny, meziplodiny, následné plodiny.)

V poslední době jsou hojně využívány volné osevní postupy, které nerespektují biologické nároky půdy a upřednostňují spíše ekonomické zájmy a poptávku trhu.

Důležitým aspektem v prevenci výskytu škodlivých organismů je i prostorová izolace kultur, zejména množitelských porostů a produkčních kultur, kde je snahou zabránit především šíření viróz prostřednictvím živočišných vektorů, které jsou schopné při migraci přenosu patogenů na velké vzdálenosti. U obilovin je to především prostorová izolace ozimů a jařin, kdy kromě zmíněného přenosu viróz hrozí i šíření spor houbových patogenů.

Včas provedená podmítka omezuje zdroj nákazy listovými chorobami ozimých obilnin, např. stéblolamem nebo padlím travním. Kvalitní podmítkou docílíme mělkého zapravení posklizňových zbytků a plevelů a dojde tak k jejich částečnému rozložení. Semena z výdrolu i semena plevelů vyklíčí a při podzimní hluboké orbě jsou vzešlé rostliny zapraveny do půdy a dojde rovněž k jejich rozkladu. Hluboké zapravení posklizňových zbytků významně snižuje riziko infekce houbovými chorobami a množství přezimujících škůdců v půdě, zejména housenek zavíječe kukuřičného na kukuřičné slámě a brouků maločlence čárkovaného na skrojcích a chrástu řepy.

Organické hnojení je zdrojem půdního humusu, který významně ovlivňuje půdní sorpci a zmírňuje tak dopady dlouhotrvajícího sucha na rostliny během vegetačního období. Hnojení organickými hnojivy také významně snižuje množství larev háďátka bramborového a populaci dospělců snižuje téměř na polovinu. Při dostatku organické hmoty v půdě se zvyšuje množství druhů antagonistických organismů pro patogeny a škůdce plodin.

Zanedbaná likvidace plevelných rostlin představuje riziko snížení výnosu nebo kvality u pěstovaných rostlin. Některé plevelné rostliny mohou být hostiteli škůdců, nebo původců chorob. Společně s rostlinami z vyklíčeného výdrolu a nedostatečně zapravenými posklizňovými zbytky představují plevelné rostliny riziko tzv. zeleného mostu. Patogen, škůdce nebo jeho vývojové stádium na těchto hostitelích přezimuje a jejich škodlivost pokračuje v následujícím vegetačním období.

Přehuštěné koruny ovocných stromů představují riziko rozvoje a šíření houbových patogenů, zejména strupovitosti jabloní a hrušní, nebo moniliózy. Listy uvnitř neudržované koruny zůstávají dlouho ovlhčené a při vyšších teplotách vzduchu mají výtrusy optimální podmínky pro vyklíčení. Uvnitř korun přestárlých stromů bývá mnoho odplozeného, odumřelého plodonosného obrostu, který je zdrojem šíření infekce houbových patogenů. Vytvoření vzdušné, prosluněné koruny je cílem výchovného a udržovacího řezu.

Způsob doplňkové závlahy může zásadně ovlivnit zdraví zavlažovaných plodin, zejména v polním zelinářství. Závlaha postřikem může představovat nebezpečí výskytu houbových patogenů a rozvoje houbových chorob, především u plodových zelenin s chloupkatými listy. U rajčat Phytophtora infestans (plíseň rajčete), Alternaria solani (alternariová skvrnitost), Septoria lycopersici (septoriová skvrnitost), Botryotinia fuckeliana (šedá plísňovitost), u tykvovitých zelenin Pseudoperonospora cubensis (plíseň okurky),Colletotricum orbiculare (antraknóza tykvovitých), Didymella bryoniae (černá hniloba plodů okurky) ad.

Z tohoto důvodu moderní pěstební technologie upřednostňují u těchto plodin kapkovou závlahu, při které nedochází k ovlhčení listů. Kapková závlaha se využívá i v produkčních ovocných sadech a vinohradech. Kromě zmíněné prevence výskytu houbových chorob jsou to i ekonomické důvody, a to výrazné snížení množství závlahové vody.

Při využití závlahy postřikem volíme dobu závlahy tak, aby listy co nejdříve oschnuly.

Desikací sadbových brambor spolu s včasnou sklizní lze zabránit proniknutí virových částic z nadzemní části do hlíz.

Při pečlivé posklizňové úpravě osiva pšenice, kdy jsou odstraněny hálky háďátka pšeničného lze zcela eliminovat výskyt tohoto škůdce. Důkladným čištěním osiva lze předejít šíření některých chorob, např. rhynchosporiové skvrnitosti (Rhynchosporium secalis) u ječmene, žita nebo některých druhů trav, jestliže by v osivu zůstaly infikované úlomky listů, sněti stébelné (Tuburcinia occulta) pokud by na zrnech zůstaly spory, nebo bílé hniloby řepky (Sclerotinia sclerotiorum) šířené sklerocii v osivu.[1][2][9][14]