Pod označením mikroskop si obvykle představíme optický mikroskop, který pro zobrazení využívá světelných paprsků, ale existují i jiné mikroskopy, např. elektronový mikroskop.

V optickém mikroskopu vytváří obraz svazek světelných paprsků (lampy) usměrněných soustavou optických čoček. Jednoduchý optický mikroskop se skládá z mechanické, optické a osvětlovací části.

Skládá se ze stativu, tubusu a stolečku.

Stativ je oporou mikroskopu a rozděluje se na podstavec, nosič tubusu (který je k podstavci připevněn sloupečkem s kloubem) a tubus. Do horní části tubusu se zasouvají okuláry a v dolní části tubusu je připevněn revolverový měnič s přišroubovanými objektivy. Stolek mikroskopu je připevněn ke sloupku, v jeho středu je otvor, kterým prochází světlo prosvětlující preparát. Stolek má příčný vodič preparátu, jímž můžeme posouvat preparát do stran, případně i otáčet okolo optické osy mikroskopu. Při výškovém posunu tubusu zaostřujeme pozorovaný objekt pomocí dvou šroubů. Makrometrickým šroubem provádíme hrubý posun a mikrometrickým šroubem jemný posun.

Optickou část tvoří soustavy optických čoček objektivu a okuláru, které mají zajistit jak zvětšení, tak rozlišení jemných detailů objektu. Okuláry a objektivy jsou značeny čísly zvětšení. Součin těchto čísel dává celkové zvětšení obrazu. Součástí optické části je také osvětlovací část, nejčastěji žárovka zabudovaná ve stativu mikroskopu.

Objektiv je soustava čoček, vytvářející zvětšený obraz pozorovaného objektu, skutečný a převrácený. Čočky bývají vyrobeny ze speciálního skla a jsou sestavovány a kombinovány tak, aby korigovaly optické vady. Nejjednodušším typem konstrukce jsou tzv. achromáty, kterými jsou vybaveny běžné mikroskopy používané v potravinářských, kontrolních a školních laboratořích. Objektivy jsou našroubovány v revolverové hlavici, která umožňuje jejich plynulou výměnu.

Objektiv je pro rozlišovací schopnost mikroskopu nejdůležitější a závisí na něm především kvalita obrazu. Parametry objektivu najdeme uvedeny na jeho plášti:

NA (numerická apertura) je bezrozměrné číslo vyjadřující účinnou světelnost objektivu. Čili schopnost rozlišit co největší detaily, která závisí na schopnosti objektivu zachytit co nejširší kužel paprsků, které procházejí objektem.

Skládá se ze dvou nebo více čoček, zvětšuje obraz vytvořený objektivem. Na plášti bývá uvedeno jeho zvětšení (5x – 20x) a typ okuláru. Při volbě okuláru bereme v úvahu pravidlo o užitečném zvětšení, které nám umožňuje pozorovat nové detaily na rozdíl od prázdného zvětšení, které žádné nové detaily nepřináší, pouze zvětšený obraz.

Světelný paprsek vychází ze zdroje (lampy), prochází kondenzorem, tubusem, objektivem a okulárem a vniká do oka pozorovatele.

Kondenzor se skládá ze soustavy dvou, nebo tří čoček s krátkou ohniskovou vzdáleností, které soustřeďují světelné paprsky na pozorovaný objekt (preparát). Kondenzor má irisovou clonu a objímku pro barevné filtry. Irisová clona se ovládá páčkou, která umožňuje nastavit optimální průzor (množství světla pod objekt). Platí, že při použití slabších objektivů je kondenzor v nižší poloze a irisová clona více uzavřená. Čím jsou objektivy silnější, tím je kondenzor ve vyšší poloze a clona je více rozevřena.