V této kapitole si postupně představíme jednotlivé zástupce patogenních mikroorganismů a seznámíme se s jejich laboratorním stanovením. V Mikrobiologii I jsme si některé patogenní mikroorganismy představili v kapitole systematika mikroorganismů. Zde si vše zopakujeme a předchozí znalosti si rozšíříme.

Mikroorganismy nežijí jen volně kolem nás, ale pronikají také do organismu. Zde začnou přijímat látky pro svůj metabolizmus a svádějí s tímto organismem takzvaně boj o přežití. Výsledkem tohoto boje může být onemocnění lidí, zvířat nebo rostlin. Takovým mikroorganismům říkáme patogenní (choroboplodné). Patogenita mikroorganismů není předem daná vlastnost jednotlivých mikroorganismů, ale je to vztah mezi mikroorganismem a hostitelem, který se vyvinul ze vzájemného boje o přežití. Některé kmeny vyvolávají onemocnění se smrtelným, jiné s velmi mírným průběhem.

Patogenita mikroorganismů se projevuje dvojím účinkem. Jeden účinek je ten, že mikroorganismus dovede vytvořit velmi nebezpečný jed tzv. toxin. Tímto toxinem se může člověk otrávit, aniž mikroorganismus sám vnikne do lidského organismu. Druhý účinek je ten, že mikroorganismus pronikne do organismu a začne se v něm množit, a to buď v jeho buňkách (viry) nebo v kůži a v orgánech. Sám nevytváří toxiny, ale škodí a vyvolává onemocnění svým rozmnožováním na úkor lidské tkáně. V prvním případě je tedy mikroorganismus patogenní svou toxicitou a v druhém svou virulencí.

Mikrobiální toxiny dělíme na exotoxiny a endotoxiny. Exotoxiny jsou vylučované z bakteriální buňky do okolí, jsou silně jedovaté a poškozují jen určité tkáně. Většinou jsou bílkovinné povahy. Exotoxiny jsou rozhodujícím činitelem při botulismu a jiných onemocněních.

Endotoxiny jsou vázány na mikrobiální plazmu a uvolňují se teprve po rozpadu buňky. Jsou odolné vůči teplotě a jejich účinek na organismus je obecnější. Z chemického hlediska jsou to lipopolysacharidy a již v nízkých koncentracích způsobují horečku apod. Nelze je zbavit toxicity a obsahují je hlavně střevní bakterie.

Z hlediska patogenity se dělí mikroorganismy na nepatogenní, podmíněně patogenní a patogenní. Patogenita je schopna se uplatnit pouze tehdy, když má organismus oslabenou imunitu. Je-li imunita napadeného vysoká, mikroorganismus se patogenně neuplatní a k onemocnění nedojde. Mezi vznikem onemocnění, virulencí a počtem mikroorganismů je přímý vztah. Mezi onemocněním a imunitou je vztah nepřímý. To znamená, že čím více virulentních mikroorganismů bude, tím spíše dojde k onemocnění. Čím vyšší je imunita organismu, tím menší je pravděpodobnost vzniku onemocnění.