Odběr vzorků provádí určená a poučená osoba. Tato osoba nesmí trpět žádnou infekční nemocí. Vzorky musí být zapečetěny (pokud je to nutné) nebo pevně uzavřeny a opatřeny štítkem, na kterém je uveden druh výrobku a jeho povaha, hmotnost (objem), jednotka, ze které byl odebrán, podmínky úchovu vzorku v době odebrání a identifikace osoby, která odběr provedla.

Protokol o odběru vzorku musí obsahovat: místo, datum a doba odběru, přesný postup odběru (pokud je jiný, než uvádí norma), druh a počet jednotek, identifikační číslo a označení šarže, ze které byl vzorek odebrán, počet vzorků, místo, kam mají být vzorky zaslány, popř. jméno a adresa výrobce, prodávajícího nebo osob zodpovědných za balení, jména a podpisy osob provádějící odběr, případně i svědků.

Pomůcky k odběru: sterilní vybavení (horký vzduch 170 – 175 °C 2 h, nebo autokláv 120 – 122 °C 20 minut, ožehnutí plamenem, ponoření do roztoku 70% etanolu), vzorkovnice (sklo, některé plasty, některé kovy) – sterilní, čisté, suché, uzavíratelné. Nesmí ovlivňovat vlastnosti výrobku.

Před vlastním odběrem vzorků se zkoušené výrobky podle senzorických vlastností (vzhledu a vůně) rozdělí do tří skupin: výrobky, kterých nejeví změny způsobené mikroorganizmy, výrobky, které jsou podezřelé, že v nich nastaly změny činností mikroorganizmů, a výrobky, které jsou zkažené činností mikroorganizmů. Vzorky se odebírají z každé skupiny odděleně, a to tak, aby nemohlo dojít ke kontaminaci a změnám v mikrobiálním složení.

Množství vzorku: běžně se odebírá originální balení (malospotřebitelské) 100 – 200 g, kusové (počet) 500 g, u velkých celků (hmotnost, objem) 500 – 1000 g.

Vzorky se odebírají ze surovin, v průběhu výroby, z hotových výrobků i z výrobků ve skladech.

Odebírají-li se vzorky do sterilní vzorkovnice, musí se její hrdlo předem opálit nad plamenem.

Tekuté a kašovité materiály – po promíchání obsahu se přenese určené množství sterilní pipetou nebo naběračkou do sterilní vzorkovnice, nebo bez promíchání obsahu se odeberou vzorky s povrchu a z různých hloubek nádrže, celkem nejméně ze tří vrstev. Takto odebrané vzorky se přenesou buď do jedné, nebo do samostatných vzorkovnic. Pomocí vypouštěcího ventilu – ventil se dezinfikuje otřením vatou namočenou do 70% etanolu a opálí se plamenem, vypustí se dostatečné množství tekutiny, aby byl zajištěn reprezentativní vzorek, a nakonec se napustí potřebné množství vzorku do sterilní vzorkovnice.

Sypké materiály – obsah se promíchá sterilním míchadlem. Naběračkou nebo lžící se z různých míst odebere potřebné množství do sterilní vzorkovnice, nebo se vzorek odebere pomocí speciálního vzorkovače z různých míst a z různých hloubek.

Kusové materiály – vzorky se odebírají po několika kusech z různých míst a hloubek pomocí lžíce, naběračky, pinzety apod. Ukládají se do sterilní vzorkovnice nebo do fólie.

Středně velké a velké kusové výrobky se vzorkují třemi způsoby: výkrojem – z kusů bochníkového tvaru se odebírá výkroj klínového tvaru. U kusů čtvercového půdorysu se vedou řezy kolmo na hrany. U výrobků podlouhlého tvaru se vede řez kolmo na podélnou osu, z vnitřních řezných ploch – vzorek se sterilně rozkrojí na několik částí a z různých míst řezných ploch se odeberou dílčí vzorky v potřebném úhrnném množství do sterilní vzorkovnice, vzorkovačem – z několika míst se odebere vývrt vzorkovačem. V místě odběru se odkrojí povrchová vrstva v síle 0,5 až 1 cm, nebo se povrch dezinfikuje etanolem a povrchová vrstva se po odběru z vývrtu odkrojí a použije se na uzavření vzniklého otvoru (např. u tvrdých sýrů).

Materiály smíšené konzistence – odebírají se všechny složky výrobku v takovém poměru, v jakém jsou ve výrobku zastoupeny.

Konzervace vzorků: pro mikrobiologický rozbor se konzervační látky nepřidávají, konzervace je pouze chladem. Vzorky mléčných výrobků se uchovávají při teplotě 0 – 4 °C, vzorky mražených krémů při minus 18 °C a méně, zahuštěná mléka a tavené sýry max. 30 °C, sýry 0 – 8 °C.